Meski bernama Stasiun Gondangdia, sebenarnya letak stasiun ini tidak di Kelurahan Gondangdia, melainkan sedikit ke utara dari Kelurahan Gondangdia. Tepatnya, stasiun kereta api kelas II ini terletak di Kebon Sirih, Menteng, Jakarta Pusat. Berada di ketinggian +17 meter, stasiun ini hanya memiliki dua jalur kereta api dan hanya melayani rute Commuter Line.
Stasiun layang di jalur segmen Manggarai – Jakarta Kota ini dimulai pada Februari 1988. Kemudian, diresmikan pada tanggal 5 Juni 1992 oleh Presiden Soeharto bersama Ibu Tien, serta jajaran pemerintahan pada masa itu. Pada saat peresmiannya, stasiun ini belum sepenuhnya rampung, hingga akhirnya baru bisa beroperasi penuh pada tahun 1993.
Arsitektur stasiun ini sudah cukup modern sejak awal pembangunannya. Stasiun ini dibuat dengan sentuhan panel berwarna kuning cerah yang menjadi ciri khasnya dan hingga saat itu ciri itu masih dipertahankan. Lokasinya yang cukup strategis karena dekat dengan perkantoran, membuat stasiun ini termasuk stasiun yang cukup padat penumpang.
Oleh karenanya, rencana penataan kawasan Stasiun Gondangdia santer terdengar di tahun 2021. Penataan kawasan Stasiun Gondangdia ini merupakan program penataan kawasan stasiun terpadu tahap II, setelah tahun lalu dilaksanakan penataan stasiun terpadu tahap I. Selain Gondangdia, ada empat stasiun lainnya yang masuk program ini, yaitu Stasiun Tebet, Manggarai, Palmerah, dan Jakarta Kota.